現行の制度では「認められた農薬には基準値を設定し、それ以外の農薬については規制の対象外」という
「ネガティブリスト制度」にて運用されておりました。
しかし、近年の輸入食品の増加、又、輸入商品の多角化への対応として、「原則すべての農薬を規制し、使用が認められた農薬だけを設定する。」という内容になり、その物質が人の健康を損なう恐れのない量として厚生労働大臣が定める量を超えて残留する食品は、これを販売の用に供するために製造し、輸入し、加工し、調理し、保存し、又は販売してはならないと定められました。